Flétna je jedním z nejstarších dechových nástrojů lidské civilizace. Byla známa již starým Egypťanům, Řekům a Římanům. Dokazují to i archeologické výzkumy. Jako materiálu k výrobě fléten bylo používáno nejrůznějších dutých dřevin, bambusu nebo kostí. Nejstarší známá vyobrazení předchůdců zobcové flétny pocházejí z 11. - 13.století. V období Antiky se flétny začaly rozdělovat podle tóniny na značné množství typů. Po pádu římské říše ztratila flétna svůj význam a byla do 16. století prakticky nepoužívána. Původně byla z jednoho kusu dřeva, později se rozdělila ve tři části.
Flétny dosáhly svého největšího rozkvětu v 16. století. Proti renesanční flétně má barokní nástroj řadu technických vylepšení. Zužující se vrtání jí rozšířilo rozsah přes dvě oktávy a dvojdírky pro poslední dva tóny přidaly další chromatické tóny. Flétna také získala typický barokní vzhled a výrobky barokních nástrojářů jsou dodnes působivými výtvarně uměleckými díly. Touto proměnou procházela flétna od poloviny 17. do počátků 18.století. Nejčastější hudební formy psané pro flétny byly sonáty a triové sonáty, s doprovodem pro basso continuo. Neméně početnou skupinu tvoří koncerty pro sólovou flétnu a orchestr. Mezi autory píšící pro flétnu (zobcovou) patří například Daniel Purcell,Henry Purcell, J.Ch. Pepush, J.Ch. Pez, J.S. Bach, G.Ph. Telemann, G.F. Handel, A. Vivaldi, Benedetto Marcello, G. Finger či J.J.Quantz.
Průkopníkem znovuzrození flétny (zobcové) byl Angličan Edgar Hunt, který napsal obsáhlou knihu Zobcová flétna a její hudba a založil první školu hry na zobcovou flétnu v roce 1935 v Londýně, která funguje dodnes. Do 60.let 20.století se zobcová flétna začala masově používat při hudební výchově a později nastal posun k profesionálnímu chápání tohoto nástroje. V dnešní době se flétna uplatňuje především při interpretaci staré hudby v původním nástrojovém obsazení, ale pronikla také do soudobé "klasické" a avantgardní hudby, jazzu i popu.